Начало Великой Отечественной войны младший лейтенант Амет – Хан Султан встретил в 1942 году. В первый день Великой Отечественной войны Амет-Хан выполнил несколько боевых вылетов разведывательно-штурмового характера. Дальнейшие вылеты были уже на юге Украины, а осенью 1941 года Амет-Хан участвовал в операциях под Ростовом-на-ДонуЗимой 1942 года в полку появилась новая техника – британский «Харрикейн IID», оснащенный 40-мм пушкой, уверенно показавшей себя в борьбе с бронетехникой. Именно на нем Амет-Хан Султан одержал свою первую воздушную победу.
В марте 1942 года 4-й авиационный полк находился в составе Ярославского ПВО. В одном ожесточенном бою с вражеской авиацией «Харрикейн» Амет-Хана быстро израсходовал боезапас, наш летчик пошел на таран немецкого бомбардировщика «Юнкерс-88», ударил врага снизу своим левым крылом. При столкновении «Харрикейн» застрял в горящем «Юнкерсе». Амет-Хан выбрался из кабины своего самолета, падающего «в объятиях» неприятельской машины, и спустился на землю на парашюте.
За этот подвиг Амет-хан 24 августа 1943 года будет награжден первой медалью «Золотая Звезда» Героя Советского Союза. С октября 1942 года Султан был назначен на должность командира 3-й авиаэскадрильи 9-го гвардейского истребительного полка. В этой должности он воевал до конца войны.
За время войны он совершил 603 боевых вылета (из них 70 – на штурмовку активный силы и техники противника), провел 150 воздушных боев, в которых сшиб лично 30 и в составе группы 19 самолетов противника.
Звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" капитану Амет-Хан Султану присвоено 24 августа 1943 года. Второй медалью "Золотая Звезда" он награжден 26 июля 1945 года.
После войны направленный в Академию по настоянию командования, Амет-Хан не мог заставить себя учиться, несколько раз убегал оттуда, возвращался в полк... Он нашёл себя на испытательной работе в НИИ ВВС, где почти четверть века испытывал реактивные самолёты и планеры. Комитет обороны города Ярославля наградил героя грамотой, именными часами и присвоил звание «Почетный гражданин города Ярославля».
23 сентября 1961 года Амет-Хану Султану было присвоено звание «Заслуженный летчик-испытатель СССР».
Погиб Амет-Хан Султан 1 февраля 1971 года, при выполнении испытательного полёта. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.
